Identifikasi Farmakofor

Farmakofor atau pharmacophore adalah konfigurasi spasial fitur pentingyang memugkinkan molekul ligan untuk berinteraksi dengan reseptor targettertentu. Dengan tidak adanya struktur reseptor dikenal, farmakofor dapatdiidentifikasi dari suatu sel ligan yang telah diamati untuk berinteraksi denganreseptor sasaran. Sebuah farmakofor didefinisikan sebagai susuanan 3D fituryang sangat penting untuk molekul ligan untuk berinteraksi dengan reseptortarget dalam situs pengikatan tertentu. Setelah diidentifikasi, farmakofor dapat berfungsi sebagai model penting untuk screening virtual, terutama dalamkasus dimana struktur 3D dari reseptor tidak diketahui dan teknik docking yang tidak berlaku.

 Identifikasi farmakofor

·        - Menentukan gugus-gugus penting yang dapat berikatan dengan reseptor

·         -Menentukan posisi relative 3D gugus-gugus molekul dengan target

·        - Bagaimana konformasi aktif dari molekul

·        - Penting sebagai dasar untuk merancang obat

·        - Penting sebagai dasar untuk penemuan obat baru

Struktur 2D

·        -menetapkan kerangka sederhana molekul obat dimana kerangka itulah yang berperan dalam berikatan dengan reseptor. Contohnya Morphine

Struktur 3D

-Mendefinisikan posisi relatif di ruang kelompok pengikat penting.

Ikatan umum farmakofor

Mendefinisikan posisi relatif di ruang interaksi ikatan penting yang diperlukan untuk aktivitas.

-Akseptor ikatan hidrogen

-Donor ikatan hidrogen

-interaksi van der Waals

-Interaksi ionik

Konformasi Aktif

 -Konformasi diadopsi oleh obat saat mengikat targetnya

 -Identifikasi konformasi aktif diperlukan untuk mengidentifikasi farmakofor 3D

 -Analisis konformasional mengidentifikasi kemungkinan konformasi dan stabilitasnya

 -Analisis konformasional sulit bagi molekul fleksibel dengan sejumlah besar konformasi

 -Lebih mudah membandingkan aktivitas analog yang kaku

Pertanyaan 

1. bagaimana cara mudah mengindentifikasi Hbd dari suatu molekul obat ?

2. bagaimana cara mengidentifikasi site active dari suatu molekul senyawa ?

3. jelaskan apa yang dimaksud dengan screening virtual ?

4. Apakah yang dimaksud dengan ikatan vanderwalls ?

source : 

http://slideplayer.com/slide/8703507/